福岡市から北西に約80km、佐賀県北端部の東松浦半島から北北西に約20kmの玄界灘上に
位置する離島です。北西の海上に対馬が位置しています。
壱岐市域の大半を占める壱岐島は面積133.82km2、南北17km、東西14km。
有人島としては壱岐島の南西部の沖合いに原島・長島・大島が、北側の沖合いに若宮島があります。
また島周辺には17ヶ所の無人島があり、これらをまとめて壱岐と呼びます。
市域全域が壱岐対馬国定公園に指定されています。また、
全国快水浴場百選に2箇所 も選ばれるなど、美しい海と自然景観に恵まています。